Desde sus primeros tiempos, el Castillo de San Felipe jugó un papel de primer orden en la historia de Menorca. De hecho, sin estar aún terminada la obra, en el año 1558 ya rechazó a la escuadra turca de Pialí a la entrada del puerto de Mahón.
En el siglo XVIII, la Guerra de Sucesión Española tuvo una gran repercusión en Menorca y los combates se desarrollaron en las inmediaciones de la fortaleza.
El Castillo de San Felipe sufrió varias reconstrucciones y demoliciones a lo largo de su historia. Cuando España recuperó la Isla de manos de los británicos con el Tratado de Amiens en el año 1.802 se procedió a su demolición definitiva, de manera que ahora sólo se conservan sus vestigios y algunos de sus kilométricos túneles subterráneos.