La capilla que había existido en el Castillo de San Felipe había quedado cubierta por las sucesivas demoliciones y restaba oculta hasta hace poco. Descubrirla fue posible gracias a Philip Denis, que trajo un plano del archivo británico de Kew Gardens, en Londres, que facilitó su localización.
Está documentado que en 1589 la capilla ya estaba en funcionamiento y que el Rey Felipe II en 1582 aportó 30 ducados para su ornamentación.
La capilla tenía 2 claves de bóveda, una con la tiara papal y otra con el escudo de España. Constaba de una nave principal y 2 capillas laterales y estaba situada en un rincón del patio de armas del castillo.
Durante la dominación inglesa la ermita del arrabal pasó a ser el principal lugar para la celebración de misas, en detrimento de la capilla del Castillo.
Como era costumbre en España, los enterramientos solían hacerse en el interior de las capillas hasta bien mediado el siglo XIX, y aunque los británicos solían hacerlos fuera de ella, se han encontrado varias lápidas, del siglo XVI y XVII, algunas con inscripciones en inglés. Solo se han dejado “in situ” aquellas lápidas que no corrían peligro de degradarse; el resto están depositadas en el Museo Militar.