El temor que el rico patrimonio que el Ministerio de Defensa tiene en el Puerto de Mahón se deteriorara, al quedar sin uso por parte del Ejército, hizo surgir la necesidad de crear un organismo constituido por entidades que se implicaran ante el proyecto de restauración y conservación del mismo, con un objetivo común: la conservación y la restauración de todas las partes que pasarán a ser cedidas al Consorcio y de las cuales el Ministerio de Defensa ostenta la titularidad de los terrenos.
Por lo tanto, El 22 de junio de 1998 se firmó el Convenio para la constitución del Consorcio del Museo Militar de Menorca y Patrimonio Histórico Militar del Puerto de Mahón y Cala San Esteban, un ente público integrado por el Ministerio de Defensa, el Gobierno Balear, el Consell Insular de Menorca y los ayuntamientos de Mahón y Es Castell.
La duración del convenio firmado es de cincuenta años a partir de la fecha de la firma del mismo y el Ministerio de Defensa cede al Consorcio, por ese período de tiempo, el uso de los terrenos e instalaciones de los siguientes monumentos: Castillo de San Felipe, Museo Militar (antiguo Cuartel de Cala Corb), Torre de Felipet, Torre d’en Penjat y la Fortaleza de Isabel II, conocida popularmente como La Mola.